上海磁浮交通发展有限公司于2000年11月成立，负责上海磁浮列车示范运营线建设及建成后的运营、维护工作，同时也承担工程建设管理和科研项目的研究工作。2012年7月9日，公司重组，运营板块划转至上海申通地铁集团有限公司，负责上海磁浮列车示范运营线的运营、维护工作，并先后接管轨道交通16号线、18号线，成为管理磁浮和地铁两种轨道线路的运营维护管理公司。